Sigebert III, de Merovingische koning van Austrasië en oudste zoon van de befaamde koning Dagobert I, laat een charter opstellen dat de oprichting van een abdij in het koninklijke woud van de Ardennen toestaat. Op advies van de hofmeier Grimoald besluit Sigebert III dat deze abdij moet bestaan uit twee kloostergemeenschappen, onder leiding van één abt.
Toen ze in het koninklijk domein aankomen, vestigen de monnik Remaclus en zijn broeders zich op twee plaatsen: in Malmedy en, enkele kilometers verder, in Stavelot. Ze kiezen niet toevallig voor de Amblève-vallei, in het hart van het Ardense woud. Inderdaad, deze regio, gelegen op de grens van twee bisdommen, is boordevol natuurlijke hulpbronnen die nodig zijn voor de vele behoeften van het klooster.
Abt Goduin laat een stenen kerk bouwen, waarnaar hij de begraafplaats van Remaclus, overleden tussen 671 en 679, laat overbrengen. Geleidelijk aan ontwikkelt er zich een cultus rond de relieken van de stichter, die steeds meer pelgrims aantrekt.
De discipline blijft behouden en het domein breidt zich aanzienlijk uit. Stavelot is een van de abdijen die het meest profiteert van de vrijgevigheid van de Germaanse heersers.
De monniken van Stavelot volgen de leer van Sint-Benedictus, zijn opgeleid en produceren belangrijke literaire werken, waaronder die over het leven en de wonderen van Sint-Remaclus.
Stavelot werd de vaste verblijfplaats van de abt.
De tweede helft van de 9e eeuw is somberder met een opeenvolging van commendataire abten aan het hoofd van de abdij en de opkomst van rivaliteit tussen de twee gemeenschappen.
Gewaarschuwd voor het gevaar vluchten de monniken met de relieken van Sint-Remaclus voor de Normandiërs die de abdij plunderen en in brand steken.
Odilon is een hervormende monnik van de Abdij van Gorze (Metz) die de benedictijnse discipline/leer binnen de zustergemeenschappen herstelt. Hij vergroot de kerk en laat gebouwen bouwen rond een kloostergang.
Een tweede hervormer wordt door keizer Hendrik II tot abt van Stavelot-Malmedy benoemd. Verenigd met de beweging geïnitieerd door Richard de Saint-Vannes (Verdun), reorganiseert Poppon de abdij en laat een nieuw klooster en een van de grootste kerken in het Rijk bouwen. Het prestigieuze gebouw is monumentaal, om de goede samenleving van monniken en pelgrims mogelijk te maken.
Onder de abdijschappen van Wibald en zijn broer en opvolger, Erlebald, is de Abdij van Stavelot een welvarende instelling die de aandacht trekt van de Germaanse heersers. Deze vertrouwen hun belangrijke verantwoordelijkheden toe, vooral diplomatieke. Deze twee abten, geleerden die het geloof en de toewijding van de monniken en pelgrims willen behouden, bestellen prachtige stukken zilverwerk om de kerk te versieren.
Aan het begin van de 16e eeuw komt de abdij uit een lange periode van onrust met abt Willem van Manderscheidt die ingrijpende hervormingen doorvoert en talrijke renovaties laat uitvoeren. In dit kader herbouwt hij de Abdij van Malmedy, bouwt een kasteel op de hoogten van Stavelot en voorziet de abdij van een nieuwe toegangstoren.
Een hevige brand in de kerk vereist de afbraak van een groot deel ervan. Hij wordt herbouwd op dezelfde fundamenten, maar in laatgotische stijl. De totale hoogte van de toren bereikt 85 meter.
In de loop van de 18e eeuw worden alle kloostergebouwen herbouwd in klassieke stijl. De abdij krijgt dan het gezicht zoals we het vandaag kennen. Ten gevolge van een blikseminslag wordt de gotische torenspits vervangen door een koepel (van neoklassieke inspiratie).
Enkele jaren na de Franse Revolutie arriveren revolutionaire troepen in het vorstendom Stavelot-Malmedy, waardoor de monniken met hun kostbaarste bezittingen naar Duitsland moeten vluchten. Vanaf dan geraken de gebouwen en de kerk volledig in verval. Bijna verlaten worden ze in 1798 verkocht aan twee burgers van Stavelot die de kerk als een nuttige steengroeve beschouwen. Hij wordt ontmanteld en de stenen worden verkocht. Alleen het onderste deel van de toegangstoren blijft bewaard.
De Abdij van Keizersberg in Leuven besluit het sinds de Franse Revolutie slapende kloosterleven te herstellen door in het gehucht Wavreumont een priorij gewijd aan Sint-Remaclus op te richten op een heuvel die symbolisch gelegen is tussen de twee steden van het voormalige abdijvorstendom.
De blootlegging van de overblijfselen van de grote Ottoonse pelgrimsabdij, de ontdekking van sporen van de eerste religieuze gebouwen en van het oude Romaanse klooster, evenals de kwaliteit van de verzamelde voorwerpen hebben grotendeels het grote archeologische belang van de Stavelot-site aangetoond.
De voormalige Abdij van Stavelot, gerestaureerd door de Waalse Overheidsdienst en geklasseerd als uitzonderlijk erfgoed, herbergt sinds 2002 verschillende musea en dient als decor voor tal van culturele evenementen.